Das Ziel dieser Technik ist es, das zu untersuchende Molekül – meist ein Protein oder Komplex- in einem Zustand, der dem natürlich gefalteten Zustand so nah wie möglich ist, zu erhalten, bevor es in die Gasphase zur MS Analyse transferiert wird. Dieser Ansatz ermöglicht einen detaillierten Einblick in die Stichometrie der Komplexe und Auf/Abbau Signalwege einschließlich des Gleichgewichtes zwischen verschiedenen Zuständen

Weiter ist es möglich, die Gasphasenfragmentierung nativer nichtkovalenter Komplexe zu verwenden, um entweder Untereinheiten herauszutrennen oder sogar die Spaltung kovalenter Bindungen zu induzieren, um die Untereinheiten zu identifizieren. Interessanterweise enthält das Vorhandensein von bestimmten Fragmentierungsstellen in diesen Experimenten häufig Informationen über die 3D-Struktur des Komplexes. Dies ist ein relativ neues Gebiet, das wir in Zusammenarbeit mit Laboren aus der ganzen Welt, über den aktuellen Stand der Technik hinaus, vorantreiben wollen.

Native MS ist eine leistungsstarke Technik zur Untersuchung der Stöchiometrie von Komplexen. Es ist jedoch nicht einfach zu entscheiden, ob ein Protein gefaltet oder entfaltet ist, insbesondere wenn es Teil eines größeren Komplexes ist oder wenn mehrere (teilweise) gefaltete Zustände nebeneinander existieren. Die Ionenmobilitätsspektrometrie misst direkt die physikalische Größe eines Ions in der Gasphase und kann daher diese fehlenden Informationen liefern. In Kombination mit (nativer) Massenspektrometrie können mit einem einzigen Instrument die Identität der Untereinheit, der Stöchiometrie und des Faltungszustands untersucht werden.

In dieser Methode wird ein Protein in Deuteriumoxid (schweres Wasser) gelöst, was zum Austausch von Amidwasserstoffen gegen Deuterium führt. Dies führt zu einer Massenverschiebung, die mit Massenspektrometrie leicht nachweisbar ist. Die Geschwindigkeit des Deuteriumaustauschs hängt von der Zugänglichkeit der Oberfläche und der Flexibilität des lokalen Peptid-Rückgrats ab. Dieser Ansatz eignet sich daher hervorragend zur Untersuchung von Bindungsoberflächen und der sekundären Proteinstruktur und liefert ergänzende Informationen zu den oben beschriebenen Methoden.