Arbeitsgruppen für Strukturanalyse

Ein Schlüsselschritt in der Wirkstoffentwicklung ist das detaillierte strukturelle Verständnis des molekularen Bindungsmodus. Bei TRABITA kommen vier verschiedene biophysikalische Methoden zum Einsatz, um speziell die dynamischen Aspekte von transienten Bindungstaschen besser untersuchen zu können.

A1 Dötsch: Bio-NMR

Transiente Bindungstaschen weisen ein besonders dynamisches Verhalten auf, welches durch die NMR-Spektroskopie detektiert werden kann. Der Arbeitskreis um Herrn Prof. Dötsch kann somit Bindungstaschen und Liganden in vitro und in vivo identifizieren.

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A2 Knapp & von Delft: Kristallographie

Hochaufgelöster Ligand-Komplexe stellen eine ideale Methode dar, um diese zu evaluieren und zu optimieren. Prof. Knapp wird in Zusammenarbeit mit dem Diamond Synchrotron und der Gruppe von Prof. Frank von Delft etablierte kristallografische Hochdurchsatzmethoden benutzten, um neue Liganden für transiente Bindetaschen zu finden.

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A3 Hänelt: Elektronen-Spin-Resonanzspektroskopie

Die Elektronenspinresonanz (ESR) Spektroskopie ermöglicht z.B. die Bestimmung der Dynamik oder der Konformationsänderungen von markierten Proteinen. Innerhalb von TRABITA wird die Arbeitsgruppe um Prof.in Hänelt konformationsspezifische Liganden und Dynamik potenzieller transienter Bindungstaschen untersuchen. Darauf aufbauend wird die ESR Spektroskopie als Screening-Methode für Liganden etabliert.

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A4 Lermyte: Konformationssensitive Massenspektrometrie

Die moderne hochauflösenden Massenspektrometrie eröffenen ungeahnte Möglichkeiten der Proteinanalyse. Kombiniert mit Wasserstoff/Deuterium-Austausch (HDX) können Informationen über Proteinfaltung und Dynamik in Lösung erhalten werden. "Native" MS-Methoden erlauben die Analyse intakter nicht-kovalenter Komplexe und die Ionenmobilitätsanalyse liefert ergänzende Informationen zur deren Konformation, während durch Top-Down-Fragmentierung die Sequenz der Protein-Komponenten bestimmt werden kann.

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